Región Amazonía
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- Parque Nacional Natural Yaigojé Apaporis
- Parque Nacional Natural Amacayacu
- Parque Nacional Natural Serranía de los Churumbelos
- Parque Nacional Natural Río Puré
- Reserva Nacional Natural Puinawai
- Reserva Nacional Natural Nukak
- Parque Nacional Natural La Paya
- Parque Nacional Natural Cahuinarí
- Parque Nacional Natural Alto Fragua Indi Wasi
- Santuario de Flora Plantas Medicinales Orito Ingi – Ande
- Parque Nacional Natural Serranía de Chiribiquete
Región Andes Nororientales
- Santuario de Flora y Fauna Iguaque
- Parque Nacional Natural El Cocuy
- Parque Nacional Natural Tamá
- Parque Nacional Natural Serranía de Los Yariguíes
- Parque Nacional Natural Pisba
- Parque Nacional Natural Catatumbo Barí
- Santuario de Flora y Fauna Guanentá Alto Río Fonce
- Área Natural Única Los Estoraques
Región Andes Occidentales
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- Parque Nacional Natural Selva de Florencia
- Parque Nacional Natural Tatamá
- Parque Nacional Natural Nevado del Huila
- Parque Nacional Natural Las Orquídeas
- Parque Nacional Natural Complejo Volcanico Doña Juana – Cascabel
- Parque Nacional Natural Las Hermosas Gloria Valencia de Castaño
- Parque Nacional Natural Puracé
- Santuario de Fauna y Flora Otún Quimbaya
- Parque Nacional Natural Los Nevados
- Santuario de Flora Isla de la Corota
- Santuario de Flora y Fauna Galeras
- Parque Nacional Natural Cueva de los Guácharos
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Región Caribe
- Parque Nacional Natural Bahía Portete – Kaurrele
- Santuario de Fauna Acandí, Playón y Playona
- Parque Nacional Natural Corales de Profundidad
- Santuario de Flora y Fauna Los Colorados
- Parque Nacional Natural Paramillo
- Santuario de Flora y Fauna El Corchal ¨El Mono Hernández¨
- Santuario de Flora y Fauna Ciénaga Grande de Santa Marta
- Parque Nacional Natural Sierra Nevada de Santa Marta
- Parque Nacional Natural Old Providence McBean Lagoon
- Parque Nacional Natural Macuira
- Santuario de Fauna y Flora Los Flamencos
- Vía Parque Isla de Salamanca
- Parque Nacional Natural Corales del Rosario y de San Bernardo
- Parque Nacional Natural Tayrona
Región Orinoquía
Región Pacífico
- Distrito Nacional de Manejo Cabo Manglares
- Distrito Nacional de Manejo Integrado Yuruparí – Malpelo
- Parque Nacional Natural Utría
- Parque Nacional Natural Uramba Bahía Málaga
- Parque Nacional Natural Sanquianga
- Parque Nacional Natural Munchique
- Parque Nacional Natural Los Katíos
- Parque Nacional Natural Farallones de Cali
- Santuario de Fauna y Flora Malpelo
- Parque Nacional Natural Gorgona