Existen dos rutas terrestres para acceder al Santuario.
Desde Santa Marta: se toma la troncal del Caribe, en dirección a Riohacha hasta llegar a la Comunidad de Camarones. Es un trayecto de 165 km que dura 2 horas y 30 minutos en carro aproximadamente. Se ingresa a la Comunidad de Camarones y desde este punto se continua en dirección al mar en unos 3,5 kilómetros hasta la Comunidad Boca de Camarones.
Desde Riohacha: se toma la troncal del Caribe, en dirección a Santa Marta hasta llegar a Camarones. Es un trayecto de 20 km que dura 15 minutos en carro aproximadamente. Se ingresa a la Comunidad de Camarones y desde este punto se continua en dirección al mar en unos 3,5 kilómetros hasta la Comunidad Boca de Camarones.
Desde Boca de Camarones se puede llegar hasta el Centro Administrativo del Santuario, la cabaña Guanebucane y el Centro de Visitantes Los Mangles (en época de lluvias es necesario tomar un cayuco o pequeña canoa para atravesar la Laguna Navío Quebrado en un recorrido de 50 metros).