La fauna de la región es bastante rica en especies, muchas de ellas endémicas, aunque representadas por poblaciones pequeñas. Esto indica que se trata de una fauna frágil. Dada la influencia preponderante de la vegetación sobre la fauna, ésta se distribuye conforme a la composición de la floresta dominante. Los hábitats de la vida silvestre en el Área Natural Única Los Estoraques han sufrido cambios notables por la intervención del hombre. La caza, la tala de los bosques y la introducción de cultivos y animales domésticos han limitado el número de especies de la fauna silvestre y la cantidad de individuos por especie.