El Parque Nacional Natural Corales de Profundidad es una de tres localidades identificadas a la fecha en el Caribe colombiano con una abundancia significativa de corales profundos  y una alta diversidad de invertebrados asociados a ellos. Se ha estimado que, junto con las formaciones coralinas profundas identificadas en aguas de Magdalena y Guajira, la formación de corales de profundidad de San Bernardo posee aproximadamente el 40% de la biodiversidad del borde de la plataforma continental del Caribe Colombiano. Adicionalmente, el área protegida incluye el 67% de las formaciones coralinas de profundidad del Caribe colombiano.

Debido a sus características demográficas y su entorno oceanográfico, las comunidades coralinas profundas son particularmente vulnerables a los daños físicos. La información recopilada sobre usos actuales y potenciales, evidencia un alto riesgo de amenaza a la conservación para las comunidades coralinas de profundidad del Parque, a causa del crecimiento de la industria de hidrocarburos, la creciente tecnificación en artes de pesca para acceder a zonas cada vez más profundas, y el incremento en la instalación de cables submarinos. Es por ello que el Parque Nacional Natural Corales de Profundidad tiene como objetivos de conservación:

• Conservar las formaciones coralinas de profundidad que se encuentran al borde de la plataforma continental y el talud superior, como expresión de representatividad y singularidad ecosistémicas y como hábitat esencial para una gran diversidad de especies marinas.

• Contribuir a la oferta de bienes y servicios ecosistémicos que brindan las formaciones coralinas de profundidad, en especial teniendo en cuenta su conectividad con otros ecosistemas marinos y su rol en la dispersión de diversas especies de hábitos bentónicos.

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